小叶紫檀掉色主要是由其自身含有的紫檀素等成分以及一些外部因素导致的，以下是具体分析：
紫檀素的特性 ：小叶紫檀中含有大量的紫檀素。紫檀素是一种天然的色素，具有溶于酒精、水等溶剂的特性。当小叶紫檀制品与皮肤接触时，人体分泌的汗液和油脂等就相当于一种溶剂，紫檀素会在一定程度上溶解于其中，从而转移到皮肤上，造成掉色现象。而且，在古代，小叶紫檀还常被用于制作染料，这也充分说明了其含有的紫檀素具有染色的能力。
表面结构与摩擦 ：小叶紫檀制品表面看似光滑，但在微观层面仍存在一定的孔隙和不平整。当与其他物体发生摩擦时，一方面，摩擦会使紫檀表面的一些微小颗粒脱落，这些颗粒中含有紫檀素，会导致掉色；另一方面，摩擦产生的热量和压力也可能会促使紫檀素更易释放出来，加剧掉色现象。比如新加工的小叶紫檀手串，在盘玩初期，由于与手部或盘玩工具的摩擦较为频繁，掉色会相对明显。
湿度和温度的影响 ：湿度和温度的变化也会对小叶紫檀的掉色产生影响。在湿度较大的环境中，小叶紫檀中的紫檀素更容易被水分激活，从而增加掉色的可能性。温度的变化则可能导致小叶紫檀木材本身的结构发生微小变化，使紫檀素更容易从木材内部迁移到表面，进而发生掉色。例如，在南方的梅雨季节或者将小叶紫檀从寒冷的环境突然转移到温暖潮湿的环境中，掉色现象可能会更明显。
小叶紫檀掉色是一种正常的自然现象，随着时间的推移和盘玩的深入，小叶紫檀表面会逐渐形成一层氧化层，也就是所谓的包浆，包浆会起到一定的隔离作用，减少紫檀素与外界的接触，从而使掉色现象逐渐减轻直至基本消失。