小叶紫檀会掉色主要有以下几个原因：
自身成分特性
小叶紫檀本身含有大量的紫檀素等天然色素。这些色素具有一定的溶解性和迁移性，当小叶紫檀与其他物体接触时，在摩擦等作用下，紫檀素有可能会转移到与之接触的物体表面，从而导致掉色现象。比如刚盘玩小叶紫檀手串时，手上可能会被染上红色，这就是紫檀素转移的结果。
历史文化印证
从历史角度来看，小叶紫檀掉色的特性早有记载。在古代，人们就发现用小叶紫檀制作的物品在使用过程中会有掉色现象，像小叶紫檀的粉末可以用作红色染料，这也充分说明了其富含易掉色的色素成分。
与空气和水分的反应
小叶紫檀暴露在空气中时，会与空气中的氧气发生氧化反应，其表面的化学成分会发生变化，加速色素的析出和迁移。同时，空气中的水分也会对小叶紫檀产生影响，当湿度较高时，水分会促使紫檀素等色素的溶解和扩散，增加掉色的可能性。比如在潮湿的南方地区，如果不注意保养，小叶紫檀制品可能更容易出现掉色情况。
加工和处理因素
在小叶紫檀的加工过程中，如果没有进行充分的干燥处理，木材内部残留的水分会在后续的使用过程中影响紫檀素的稳定性，导致掉色。此外，一些不恰当的表面处理工艺，如使用了不合适的化学药剂进行浸泡或涂抹，可能会破坏小叶紫檀的结构，使紫檀素更易渗出，进而引起掉色。
一般来说，随着时间的推移和盘玩的进行，小叶紫檀表面会逐渐形成一层氧化膜，即包浆，这层包浆可以在一定程度上阻止紫檀素的进一步析出，从而使掉色现象逐渐减轻直至基本消失。